Séquençage et sécurité alimentaire : identifier les contaminations microbiennes avec précision

Une technologie clé pour la sécurité DES ALIMENTS et la maîtrise des risques microbiologiques

Maîtriser les risques microbiens est un enjeu vital pour l’industrie agroalimentaire. Une contamination non identifiée peut entraîner des rappels de produits, des arrêts de production ou une crise d’image. Face à ces enjeux, le séquençage génomique s’impose comme un outil puissant et innovant pour améliorer la sécurité sanitaire des aliments, identifier les micro-organismes responsables de contaminations, et agir rapidement en cas de dérive.

Séquençage génomique : une avancée stratégique pour la sécurité des aliments

Le séquençage ADN alimentaire permet de lire et d’analyser l’ADN des micro-organismes présents dans les produits ou les environnements de production. Contrairement aux méthodes traditionnelles ciblées, le séquençage offre une vision globale du microbiome, y compris les pathogènes rares ou émergents.

Applications concrètes du séquençage génomique :

Détection de contaminants invisibles par les méthodes classiques
Remontée à la source d’une contamination (matière première, équipement, personnel)
Différenciation fine entre souches microbiennes
Suivi de l’évolution des écosystèmes microbiens dans les ateliers

Le WGS : Whole Genome Sequencing, un outil à haute valeur ajoutée

WGS (Whole Genome Sequencing) consiste à séquencer l’intégralité de l’ADN d’un micro-organisme (bactérie, levure, moisissure). Grâce aux technologies NGS (Next Generation Sequencing), cette méthode est aujourd’hui rapide, précise et accessible.

Étapes du WGS :

Extraction et préparation de l’ADN
Séquençage des fragments
Analyse bio-informatique pour reconstruire le génome, détecter les gènes de virulence ou de résistance, et comparer les souches

Grâce à cette résolution, il est possible d’identifier des souches persistantes dans un atelier, de retracer les voies de contamination et de valider les actions correctives.

Reconnaissance par les autorités sanitaires

Le séquençage WGS est officiellement recommandé par la DGAL (Direction Générale de l’Alimentation), notamment pour la surveillance de Listeria monocytogenes. L’instruction DGAL/SDSSA/2023-27 invite les industriels à recourir au séquençage pour confirmer la persistance d’un clone de Listeria en cas de détection répétée.

Cette reconnaissance traduit une évolution vers des outils de typage génétique intégrés aux plans HACCP, et une gestion proactive des risques microbiens.

Bénéfices pour les industriels de l’agroalimentaire

Le séquençage permet :

Une détection précise des micro-organismes responsables de contaminations
Une traçabilité renforcée des lots et des environnements
Une anticipation des risques avant qu’ils ne se traduisent par des alertes ou rappels
Une meilleure communication avec les autorités et les clients, grâce à des données scientifiques solides

L’accompagnement expert d’ADRIA

ADRIA accompagne les industriels dans l’intégration du WGS dans leur démarche qualité :

Protocoles alignés avec la norme NF EN ISO 23418
Expertise bio-informatique interne
Restitution des résultats avec vulgarisation pédagogique
Solutions sur-mesure selon les matrices, les enjeux et les contraintes industrielles

L’approche ADRIA va au-delà de la prestation technique : elle propose une véritable stratégie microbiologique intégrée pour bâtir des outils de décision fiables.

Le séquençage génomique transforme la manière dont les industriels abordent la sécurité alimentaire. Grâce à sa précision, sa polyvalence et son ancrage réglementaire, il devient un levier stratégique pour prévenir les crises, gagner en transparence et construire une alimentation plus sûre.

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